Vergilər Nazirliyi vergi ödəyicilərinin hüquqlarının qorunması məsələsini daim diqqətdə saxlayır. Vətəndaş müraciətlərinə vaxtında baxılması, vergi ödəyicilərinin müraciətlərinin keyfiyyətlə araşdırılması, habelə sahibkarların hüquq və qanuni mənafelərinin müdafiəsinə yönəlmiş mexanizmlərin təşkili istiqamətində tədbirlər görülür. Vergilər Nazirliyində Vergi Apelyasiya Şurası fəaliyyət göstərir, habelə 2018-ci ildə vergi şikayətlərinə baxılması işinə səmərəli nəzarət məqsədilə yeni apelyasiya mexanizmi də yaradılıb.

Bununla yanaşı, Vergilər Nazirliyi vergi şikayətlərinə baxılması prosesini təhlil edərkən bir sıra hallarda sahibkarların qanuni mənafelərinin pozulmasının vergi əməkdaşlarının yoxlama prosesində, yoxlama aktlarının tərtibi və vergilərin hesablanmasında, habelə vergi ödəyicilərinin düzgün məlumatlandırılmaması nəticəsində baş verməsi faktları ilə bağlı olduğunu müəyyən edib. Məsələn, sahibkar Zülfüqar İsmayılovun xronometraj metodu ilə aparılmış müşahidənin nəticəsinin düzgün müəyyən edilməməsi və ƏDV qeydiyyatına alınması, vergi ödəyiciləri Fidan Cəbiyeva və Fuad Cəbiyevin kameral vergi yoxlamasının hesabat dövründən 3 il keçdikdən sonra aparılması, bir sıra şirkətlərdə mənfəət vergisi bəyannaməsində göstərilən xərclərin uçot baza məlumatları ilə təsdiq edilmədiyi barədə qərarların sonradan təqdim olunmuş təsdiqedici sənədlər əsasında təsdiqini tapması və s. kimi hallarla bağlı araşdırma aparılıb və Vergi Apelyasiya Şurasının qərarı ilə şikayətlər təmin edilib.

Vergi məsələləri üzrə ombudsmanın əsas vəzifəsi vergi ödəyicilərinin şikayət və müraciətlərinin məhkəmə müstəvisinə çıxmadan həllinə nail olmaq,
vergi administrasiyaları ilə münasibətlərinin qarşılıqlı əməkdaşlıq
formatında tənzimlənməsinə kömək göstərməkdir

Apelyasiya verilmiş işlərin, habelə mübahisələndirilən məsələlərin təhlili aparılarkən bir sıra hallarda sahibkarların kifayət qədər hüquqi biliklərə malik olmamaları, vergi qanunvericiliyinin tətbiqi ilə bağlı məlumatsızlıqları ilə əlaqədar belə qərarlarla bağlı apelyasiya prosesində iştirak etməkdən çəkindikləri müəyyən edilib. Sahibkarların hüquq və qanuni mənafelərini daha etibarlı şəkildə müdafiə etmək, belə müdafiə kanallarının və kommunikasiya imkanlarının artırılması məqsədilə Vergilər Nazirliyi tərəfindən yeni və daha effektiv mexanizmlərin yaradılması istiqamətində araşdırmalar aparılıb. "Vergi sisteminin inkişafı üzrə 2013-2020-ci illər üçün Strateji Plan"a əsasən, beynəlxalq təcrübəyə söykənərək aparılan belə araşdırmalar zamanı vergi ödəyicilərinin hüquqlarını qoruyan institutların yaradılması praktikası, vergi ödəyicilərinin hüquqlarının qorunmasında Avropa İttifaqına üzv ölkələrin təcrübəsi, belə institutların fəaliyyətini tənzimləyən qanunvericilik aktları, şikayətlərin idarə edilməsi sistemi və s. geniş öyrənilib.

Vergilər Nazirliyi inkişaf etmiş ölkələrin təcrübəsini əsas götürərək, Azərbaycanda Vergi Ombudsmanı İnstitutunun yaradılmasına dair qərar qəbul edib və artıq bununla bağlı vergilər naziri tərəfindən müvafiq əmr imzalanıb. Vergi Ombudsmanı İnstitutu xarici ölkələrdə vergi ödəyicilərinin hüquqlarını qoruyan struktur model kimi tətbiq olunur və uğurlu nəticələri var. Vergi məsələləri üzrə ombudsmanın fəaliyyətinin başlıca məqsəd və vəzifəsi vergi ödəyicilərinin hüquqlarının daha etibarlı qorunmasını təmin etmək, onların şikayət və müraciətlərinin məhkəmə müstəvisinə çıxmadan həllinə nail olmaq, vergi administrasiyaları ilə münasibətlərinin qarşılıqlı əməkdaşlıq formatında tənzimlənməsinə kömək göstərməkdir. Vergi ombudsmanı sahibkarların hüquq və qanuni mənafelərinin müdafiəsinə yönəlmiş ictimai institutlar və sahibkarlar icması ilə əməkdaşlıq etmək, həmçinin korrupsiya halları, sahibkarların qanuni maraqlarının pozulmasına dair şikayətləri araşdırmaq, KİV də daxil olmaqla, hər hansı mənbədən sahibkarların hüquqlarının pozulmasına dair məlumat əldə etdiyi təqdirdə, öz müstəqil araşdırmasına başlamaq hüququna malik olan şəxsdir.

Beynəlxalq təcrübəyə əsasən, vergi ombudsmanı vergi orqanları və vəzifəli şəxslərdən məlumat, sənəd və materiallar almaq, sahibkarların müraciəti və razılığı əsasında vergi yoxlamasında iştirak etmək, sahibkarların hüquq və mənafelərinin pozulmasına gətirib çıxaran vergi orqanlarının qərarlarının icrasının dayandırılmasına dair nazirliyin aidiyyəti departamentlərinin rəhbərlərinə vəsatətlə çıxış etmək səlahiyyətinə, habelə biznes subyektlərinin şikayətlərinin hərtərəfli və obyektiv baxılması üçün əlavə ekspertləri cəlb etmək hüququna malikdir.

Vergi Ombudsmanı İnstitutu vergi ödəyicilərinin hüquqlarını qoruyan strukturdur. Belə bir qurumun fəaliyyətə başlaması Azərbaycanın vergi sisteminə bir neçə baxımdan fayda verəcəkdir. İlk növbədə, vergi ödəyicilərinin hüquq və manafelərinin etibarlı qorunması baxımından aparılan işlərə öz töhfəsini verəcək, onların işini yüngülləşdirəcəkdir. Eyni zamanda, vergi ödəyicilərinin intizamının güclənməsi və vergiləri vaxtında və tam şəkildə ödəməsi baxımından da bu institutun rolu böyükdür. Çünki vergi ombudsmanının cəmiyyətdə böyük nüfuzu və peşəkarlığının olması ona inamı artırır. Dövlətin özünün bu qurumun mütəxəssislərindən gözləntiləri çoxdur və onun verdiyi rəyə hörmətlə yanaşılır. Bu təşkilatın əməkdaşları ilə vergi ödəyiciləri arasında ünsiyyət dərin olduğundan, onların üzərinə böyük məsuliyyət düşür. Ombudsman sahibkarlara öz hüquq və öhdəliklərini yerinə yetirmək, dövlətin müəyyən etdiyi qanunların tələblərinə riayət etmək, dövlət büdcəsinə vergilərin vaxtında ödənilməsi üçün məsuliyyətini başa salmaq və digər müxtəlif təşviqat işləri görmək, məsləhət və tövsiyələr vermək səlahiyyətlərinə də malikdir.

Hazırda Vergi Ombudsmanı İnstitutunun formalaşdırılması, onun funksiya və səlahiyyətləri, habelə fəaliyyət mexanizmi ilə bağlı iş aparılır.