Vergi Məcəlləsinin 158.2-ci maddəsinə əsasən, vergi ödəyicisinin vergiyə cəlb olunan əməliyyatlarının ümumi məbləği əvvəlki tam 12 təqvim ayı ərzində 100.000 manatdan çox deyilsə, bu Məcəllənin 158.1-ci maddəsində nəzərdə tutulan hallar istisna edilməklə, vergi ödəyicisi ƏDV-nin məqsədləri üçün son qeydiyyatın qüvvəyə mindiyi tarixdən etibarən bir il keçdikdən sonrakı istənilən vaxt qeydiyyatın ləğv olunmasına dair ərizə ilə müraciət edə bilər. ƏDV-nin məqsədləri üçün qeydiyyatın ləğv olunması vergi orqanına qeydiyyatın ləğv edilməsinə dair ərizənin verildiyi gün qüvvəyə minir.
Vergi ödəyicisinin ƏDV qeydiyyatının ləğvi onun ƏDV sub-uçot hesabından istifadəsinin məhdudlaşdırılması üçün əsasdır. Vergi ödəyicisinin ƏDV qeydiyyatı ləğv edilərkən onun ƏDV sub-uçot hesabında olan və sonradan bu sub-uçot hesabına daxil olan pul vəsaitləri dövlət büdcəsinə köçürülür və həmin vergi ödəyicisinin vergi orqanında olan şəxsi hesab vərəqəsinə daxil edilir.
Misal: Vergi ödəyicinin ƏDV depozit hesabında 5.500 manat məbləğində ƏDV, təqdim edilən elektron qaimə-faktura üzrə 1.800 manat məbləğində ƏDV debitor borcları var. Vergi ödəyicisi ƏDV qeydiyyatının ləğvi ilə bağlı vergi orqanına müraciət edib. Vergi orqanı tərəfindən ƏDV qeydiyyatının ləğvi təsdiq edildikdən sonra ƏDV depozit hesabında olan 5.500 manat məbləğində vəsait dövlət büdcəsinə ödənilir və şəxsi hesab vərəqəsində qeyd edilir. ƏDV üzrə 1.800 manatlıq debitor borc tam və ya qismən ödənildiyi halda birbaşa şəxsi hesab vərəqəsində əks etdirilir. Vergi ödəyicisinin həmin dövr üzrə digər vergilər üzrə borc öhdəlikləri varsa, şəxsi hesab vərəqəsində onun azaldılması, əks halda isə artıq ödəmə kimi qeyd ediləcək.
Eyni proses vergi ödəyicisinin ləğv edilməsi prosesinə də tətbiq ediləcək. Belə ki, vergi ödəyicisi ləğv edilərkən onun ƏDV sub-uçot hesabında olan pul vəsaitləri dövlət büdcəsinə köçürülür və həmin vergi ödəyicisinin vergi orqanında olan şəxsi hesab vərəqəsinə daxil edilir.
Hüquqi şəxs birləşmə, qoşulma və bölünmə nəticəsində ləğv edilərkən onun ƏDV sub-uçot hesabında olan pul vəsaitləri yeni təşkil edilmiş ƏDV qeydiyyatında olan hüquqi şəxslərin ƏDV sub-uçot hesablarına və ya dövlət büdcəsinə köçürülür.
Hüquqi şəxsin tərkibindən bir və ya bir neçə hüquqi şəxs ayrıldıqda isə onun ƏDV sub-uçot hesabında olan pul vəsaitləri bölünmə balansına uyğun olaraq yeni təşkil edilmiş ƏDV qeydiyyatında olan hüquqi şəxslərin ƏDV sub-uçot hesablarına köçürülə bilər.